2. При обновлении остатков, сайт начинает дико тормозить и во всех каталогах нет товаров!!

Это сурьёзное. Я уже сделал обновление остатков на сервере раз в 2 часа, но оно во-первых более 40 минут производится, а во-вторых вот это. Пришлось изменить на раз в 3 часа. ((

Я проиндексировал таблицу товаров ещё одним хитрым образом. Стало Быстрее; попробовал вернуть импорт остатков к старой модели - из SQL-сервера (из назначенных заданий на машине sql-server отключил, у тебя на машине наверное нет уже такого задания?). Вроде за минутку справляется. Попробуем так, посмотрим, как идёт.